Секвенирование по Сэнгеру

Об услуге

Метод секвенирования по Сэнгеру является эталонным методом для подтверждения мутаций. Его используют для определения правильной сборки плазмид и других задач, требующих определение последовательности отдельных участков ДНК. Квалифицированные специалисты АО «СинГен» при необходимости помогут подобрать праймеры для секвенирования, проведут очистку продуктов ПЦР и сделают выравнивание готовых сиквенсов. Мы работаем на оборудовании компании Applied Biosystems, признанном лидере рынка генетических анализаторов.

От вас потребуется:

ПЦР-продукт или плазмидная ДНК
Праймеры для секвенирования

Результат выполненных работ:

Секвенирование по Сэнгеру под ключ в соответствии с вашей задачей;
Файлы хроматограмм
Выравнивания (дополнительная услуга).

Рекомендации для оптимального результата секвенирования по Сэнгеру:

Один праймер плюс один образец – это одна сиквенс реакция;
Оптимальная температура отжига праймеров в диапазоне 58-62°С, оптимальная длина – 20 нуклеотидов, не рекомендуется использовать вырожденные или флуоресцентно меченные праймеры;
При выборе праймеров учитывайте, что сиквенс начинается примерно через 30 нуклеотидов после праймера. ПЦР фрагменты хорошо секвенируются при длине более 150 нуклеотидов;
Последовательности предоставляемых праймеров стоит указать в заявке;
Можно выбрать праймер из таблицы стандартных олигонуклеотидов, такой праймер не надо оплачивать или заказывать дополнительно;
Праймеры необходимо прикладывать отдельно от образцов, каждый праймер в отдельной пробирке. Концентрация предоставляемых праймеров – 5мкМ. Количество – 4 мкл на каждый образец, но не меньше 10 мкл;
Необходимая концентрация очищенной плазмиды длиной до 5 т.н. – от 50 нг/мкл, количество – 8 мкл + 4 мкл плазмиды на каждый дополнительный праймер;
Концентрация очищенной плазмиды длиной свыше 5 т.н. – от 100 нг/мкл, количество 8 мкл + 4 мкл плазмиды на каждый дополнительный праймер;
ПЦР-смесь для сиквенс реакции необходимо очищать, выделенная плазмида может использоваться сразу. Мы предлагаем три вида очистки. Очистка с помощью ферментов или магнитных частиц возможна только для ПЦР продуктов без дополнительных полос на электрофорезе;
Если ПЦР продукт даёт больше одной полосы на электрофорезе – необходимо провести или заказать очистку целевого фрагмента из агарозного геля после электрофореза;
Если в секвенируемой матрице возможны шпильки или GC богатые участки – это стоит указать для поправки условий сиквенс реакции;
Концентрация очищенного ПЦР-продукта – не менее 20 нг/мкл. Количество очищенного ПЦР продукта – 8 мкл + 4 мкл на каждый дополнительный праймер, с указанием использованного метода очистки и раствора.
Количество неочищенной ПЦР-смеси – от 6 мкл + 4 мкл на каждый дополнительный праймер. Количество неочищенной ПЦР-смеси для очистки через электрофорез в агарозном геле – 40-50 мкл;
Образцы и праймеры можно отправлять при комнатной температуре, охлажденными или замороженными;
Остались вопросы? Звоните нашему консультанту +7 (966) 136-95-86

Список стандартных праймеров:

Name	Sequence
IF_pJET	CGACTCACTATAGGGAGAGCGGC
IR_pJET	AAGAACATCGATTTTCCATGGCAG
IF_M13	GTTGTAAAACGACGGCCAGTG
IF_M13_Short	GTAAAACGACGGCCAGT
IR_M13	AGCGGATAACAATTTCACACAGGA
IF_T7	TAATACGACTCACTATAGGG
IR_T7	ATGCTAGTTATTGCTCAG
IF_pQE60	ATTGTGAGCGGATAACAATTTC
IF_pQE100	GCTTTGTGAGCGGATAACA
IF_pQE70	CCGAGCGTTCTGAACAAATC
IF_Sp6	GATTTAGGTGACACTATAGAATA
IF_EGFP-N	CGTCGCCGTCCAGCTCGACCAG
IF_EGFP-C	CATGGTCCTGCTGGAGTTCGTG
IF_T3promoter	GCGCGAAATTAACCCTCACTAAAG
IF_T5promoter	GTGAGCGGATAACAATTTCACAC
IF_pGEX	GGGCTGGCAAGCCACGTTTGGTG
IR_pGEX	CCGGGAGCTGCATGTGTCAGAGG
IF_pBAD	ATGCCATAGCATTTTTATCC
IR_pBAD	GATTTAATCTGTATCAGGCTG
IF_pET60	GCCAGCAACCGCACCTGTG
IR_pET85	GCGCTTAATGCGCCGCTAC

Цены и сроки выполнения работ:

Услуга	Цена, руб.	Срок выполнения, раб. дней
Секвенирование по Сэнгеру	700 (новый клиент - 600)	3-10
Ферментативная очистка	200	Включено
Очистка с магнитными частицами	400	Включено
Очистка из агарозного геля	1000	Включено
Выравнивание и проверка ошибок, один референс, все праймеры	1500	1-3
Подбор праймеров, пара	1500	1-3
Синтез праймеров, за шаг	35	7-10
Курьер	600	1-2

Заявка на секвенирование

Отправляйте заявку на sequence@syngen.ru, приложите распечатанную версию к образцам.